centos vasp,centos官网
大家好,今天小编来为大家解答以下的问题,关于centos vasp,centos官网这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧!
centos7怎么安装ShengBTe
安装好编译器和数学库MKL,并配置好环境(只有普通用户权限,用户名为xxx,安装在~/home/xxx/intel)
source/home/xxx/intel/bin/compilervars.sh intel64
source/home/xxx/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source/home/xxx/intel/impi/2018.0.128/bin64/mpivars.sh intel64
如果输入
mpiifort--version
能显示正确的信息,表明已安装好
到How to install spglib C-API下面下载spglib并按照该网页上的步骤安装,比如安装到了
/home/xxx/software/spglib
到下载ShengBTE,解压后将其中的arch.make.example复制为arch.make,更改为
export FFLAGS=-traceback-debug-O2-static_intel
export LDFLAGS=-L/home/xxx/software/spglib/lib-lsymspg
export MPIFC=mpiifort
MKL=$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a-Wl,--start-group\
$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a\
$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_sequential.a\
$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_core.a-Wl,--end-group-lpthread-lm
export LAPACK=$(MKL)
export LIBS=$(LAPACK)
记得要将spglib的位置更改,然后将该文件复制到Src文件夹中,make
没有出错的话就会得到ShengBTE,可以进入测试文件夹中测试一下,比如Test-VASP,执行
../ShengBTE
或者
mpirun-np 4../ShengBTE
楼主如果对Linux系统感兴趣,想学习更多Linux系统知识,可以百度《Linux就该这么学》,不错的一本Linux入门教程。
Centos Stream 9 & VASP 6.1.2安装 & CP2K 2022.2安装
在CentOS Stream 9系统上安装VASP 6.1.2和CP2K 2022.2涉及到一系列的软件和环境配置。首先,确保显卡驱动和Intel oneAPI正确安装。安装NVIDIA-CUDA驱动时,需要检查是否已正确安装,并通过命令`lsmod| grep nouveau`和`nvidia-smi`确认驱动状态。如果驱动安装后未显示,可以参考相关教程解决。
安装Intel oneAPI Base Toolkit包括wget并下载安装脚本,通过脚本完成安装。在配置环境变量时,需要使用`vim~/.bashrc`命令编辑.bashrc文件,添加`source/opt/intel/oneapi/setvars.sh intel64`,并确保通过`source~/.bashrc`使环境变量生效。
安装GCC系列以及软件开发辅助工具,使用`sudo yum install`命令分别安装C编译器、C++编译器和Fortran编译器,以及兼容库。此外,还需安装make、gdb、cmake和git等工具以支持软件开发。
接下来,对fftw3xf文件进行权限设置和编译。确保文件及其子目录可读、可写、可执行,并使用make命令生成库文件。然后,进行VASP 6.1.2的编译配置,下载并解压VTST-Tools,将所需文件复制到src目录中,修改src/main.F源码以适应特定需求,并下载solvation.F文件,更新src/mpi.F文件,调整配置以适应不同CPU类型。
完成编译配置后,使用`make`命令编译三个版本的VASP:Gamma only版、非共线版和标准版。通过在终端中运行不同版本的vasp命令,验证VASP的正确安装和运行。
为了测试VASP,下载并解压测试任务包,执行mpirun命令调用VASP进行测试。如果遇到运行异常,可以尝试在~/.bashrc中添加`ulimit-s unlimited`命令,以避免操作系统对堆栈内存尺寸的限制。
最后,安装CP2K 2022.2,通过编辑环境变量并执行特定脚本来安装和配置CP2K。确保执行前已正确设置CP2K的环境,并使用mpirun命令执行CP2K,通过检查输出文件验证安装是否成功。
以上步骤详细介绍了在CentOS Stream 9系统上安装VASP 6.1.2和CP2K 2022.2的完整流程,包括软件安装、环境配置和验证步骤,确保了软件的正确部署和运行。
画能带(Band)和态密度(DOS)图--Python包
本篇文章介绍两个Python包:vaspvis和pymatgen,用于处理VASP输出结果并绘制能带图和态密度图。
使用环境为CentOS下的Anaconda Jupyter Notebook。
vaspvis和pymatgen均为VASP结果处理软件。
vaspvis下载方式:直接在PyPI上搜索vaspvis,连网情况下使用命令下载。
vaspvis官网提供详细说明,使用指南可访问指定网址。
github上vaspvis项目提供代码下载链接,可在此提出问题或查看其他用户提问。
vaspvis示例1:绘制总能带图,需修改KPOINTS文件中GAMMA为\Gamma确保希腊字符显示。
示例2:分别展示自旋上和自旋下能带。
示例3:按元素分别显示能带。
示例4:绘制每个轨道及总态密度图。
示例5:指定原子态密度图。
示例6:绘制指定原子的态密度图。
示例7:能带和态密度图同时绘制。
示例8:能带和态密度图同时显示轨道。
pymatgen下载方式:在PyPI上搜索pymatgen,连网情况下使用命令下载,推荐使用Anaconda。
pymatgen官网提供详细说明,安装和使用指南可访问指定网址。
github上pymatgen项目提供代码下载链接,可在此提出问题或查看其他用户提问。
pymatgen示例1:绘制能带图的spdf轨道投影。
示例2:绘制元素投影态密度图。
示例3:绘制特定元素指定轨道的态密度图。
示例4:能带和态密度图同时绘制。
示例5:能带和态密度图同时绘制,显示各元素。
注意事项:vaspvis和pymatgen使用时,需确保KPOINTS文件中GAMMA为\Gamma,同时修改以确保希腊字符显示。
vaspvis和pymatgen提供更多功能,详情请参考GitHub项目页面。