centos pthread库(linux安装pthread库)
centos安装ffmpeg添加ogg音频ffmpeg音频编码支持操作步骤
简单介绍
FFmpeg是一个自由软件，可以运行音频和视频多种格式的录影、转换、流功能[1]，包含了libavcodec─这是一个用于多个项目中音频和视频的解码器库，以及libavformat——一个音频与视频格式转换库。（来自维基百科）
安装前提
由于在centos下使用 yum install ffmpeg是找不到安装包的，所以需要通过其他方法来安装：
一、安装ffmpeg
操作系统：centos 5.6
(一)安装编译环境
复制代码代码如下:
#yum install-y automake autoconf libtool gcc gcc-c++
(二)安装所需程序库的RPM包到 centos(因为centos自带的库中没有ffmpeg包，这里相当于是扩展)
复制代码代码如下:
#rpm-Uhv
(三)安装 Install ffmpeg等模块
复制代码代码如下:
yum-y install ffmpeg ffmpeg-devel
当然你也可以选择编译源码安装，只需要在安装之前，将 ffmpeg需要的支持库安装好就是了，我之所以选择这种安装方式就是不想再去逐个编译各种库。
安装好之后可以使用下面命令查看：
复制代码代码如下:
./configure--prefix=/usr
安装好之后，你的机器就添加了对 ogg音频的支持。这里你需要先安装 libogg，因为 libvorbis需要 libogg的支持。
重新编译 ffmpeg
接下来就需要重新编译安装一下 ffmpeg，这时候你需要去下载一个 ffmpeg的源码包
运行
复制代码代码如下:
ffmpeg
拷贝如下信息
复制代码代码如下:
configuration:--prefix=/usr--libdir=/usr/lib64--shlibdir=/usr/lib64--mandir=/usr/share/man--incdir=/usr/include--disable-avisynth--extra-cflags='-O2-g-pipe-Wall-Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2-fexceptions-fstack-protector--param=ssp-buffer-size=4-m64-mtune=generic-fPIC'--enable-avfilter--enable-libdirac--enable-libfaac--enable-libfaad--enable-libfaadbin--enable-libgsm--enable-libmp3lame--enable-libopencore-amrnb--enable-libopencore-amrwb--enable-libx264--enable-gpl--enable-nonfree--enable-postproc--enable-pthreads--enable-shared--enable-swscale--enable-vdpau--enable-version3--enable-x11grab
当然你可以将不需要的移除，
在 ffmpeg源码目录下运行
复制代码代码如下:
./configure--prefix=/usr--libdir=/usr/lib64--shlibdir=/usr/lib64--mandir=/usr/share/man--incdir=/usr/include--disable-avisynth--extra-cflags='-O2-g-pipe-Wall-Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2-fexceptions-fstack-protector--param=ssp-buffer-size=4-m64-mtune=generic-fPIC'--enable-avfilter--enable-libdirac--enable-libfaac--enable-libfaad--enable-libfaadbin--enable-libgsm--enable-libmp3lame--enable-libopencore-amrnb--enable-libopencore-amrwb--enable-libx264--enable-gpl--enable-nonfree--enable-postproc--enable-pthreads--enable-shared--enable-swscale--enable-vdpau--enable-version3--enable-x11grab--enable-libvorbis
最后的一项是--enable-libvorbis，这个就是加入 ogg的音频支持。
编译完成之后，运行
复制代码代码如下:
make&& make install
就完成 ffmpeg的安装了
简单测试
可以使用如下命令测试 amr到 ogg的转码：
复制代码代码如下:
ffmpeg-i xxx.amr-f ogg-acodec libvorbis-ac 2-ab 128k-ar 44100 xxx.ogg
可以使用如下命令测试 amr到 mp3的转码：
复制代码代码如下:
ffmpeg-i xxx.amr xxx.mp3
可见 ffmpeg对 mp3的支持还是好很多的。
转码成功可以看到类似下面的输出：
gcc编译选项-lpthread和-pthread的区别
遇到编译问题，发现使用相同代码与编译命令在不同环境（CentOS与Ubuntu）下执行结果不同。异常发生于调用std::call_once函数。问题描述如下：
在CentOS 7.0+ gcc4.8.0下编译执行正常，但在Ubuntu 18.04+ gcc7.4.0下编译执行出错，异常信息为：main thread begin...... terminate called after throwing an instance of'std::system_error' what(): Unknown error-1 Aborted(core dumped)。
通过单步调试，发现异常起因于调用std::call_once。为解决此问题，将编译命令中的-lpthread修改为-pthread，程序得以正常执行。
探究-lpthread与-pthread的区别，发现-lpthread为较老式解决方法，而pthread新增了对宏D_REENTRANT的定义。-pthread展开为“-D_REENTRANT-lpthread”，不仅能链接pthread库，还能打开系统头文件中的各种多线程支持分支，如errno错误码标志。定义_REENTRANT可实现每线程独有errno，避免线程竞争错误。-pthread在移植性方面更为强大，尤其在不同Unix变种中，如FreeBSD，不会遇到链接问题。尽管-pthread未被接纳为C标准，但已成为事实标准，建议使用。
综上所述，为确保代码在不同环境下的稳定性和兼容性，建议在编译时使用-pthread选项。
如何在ubuntu上装freesurfer
1.从网上下载软件压缩包
在终端中使用如下命令：
ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu
用户名：anonymous；密码：空，即直接回车
cd pub/dist/freesurfer/4.5.0
dir
get freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
大约需要18个小时能下载完。
2.把文件移到需要安装的目录下，并解压缩，如放到/usr/local
mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz/usr/local
tar zxvf freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
3.安装tcsh
apt-get tcsh
4.配置环境变量
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
编辑~/.bashrc文件，在最后添加下面两个语句：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
5.基本安装
在终端运行如下命令：
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
此时，终端上会打印如下信息：
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST(and FSL)
FREESURFER_HOME/usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME/usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR/usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR/usr/local/freesurfer/mni
6.将.license文件复制到$FREESURFER_HOME目录下
将进行注册的时候，收到的邮件中的#---------------CUT HERE---------------之间的三行复制到一个文件中，并命名为.license文件
将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中
7.安装其他库文件
cd bin
ldd tksurfer.bin
此时，会在终端打印如下信息：
linux-gate.so.1=>(0xb7f5a000)
libtix8.1.8.4.so=> not found(Tix8.4 ln-s)
libtk8.4.so=> not found(TK8.4)
libtcl8.4.so=>/usr/lib/libtcl8.4.so(0xb7e95000)或者是 not found
libGLU.so.1=>/usr/lib/libGLU.so.1(0xb7e12000)
libXmu.so.6=>/usr/lib/libXmu.so.6(0xb7dfc000)
libGL.so.1=>/usr/lib/libGL.so.1(0xb7d58000)
libXext.so.6=>/usr/lib/libXext.so.6(0xb7d4a000)
libX11.so.6=>/usr/lib/libX11.so.6(0xb7c63000)
libz.so.1=>/usr/lib/libz.so.1(0xb7c4d000)
libcrypt.so.1=>/lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1(0xb7c1b000)
libdl.so.2=>/lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2(0xb7c17000)
libpthread.so.0=>/lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0(0xb7bff000)
libstdc++.so.6=>/usr/lib/libstdc++.so.6(0xb7b0c000)
libm.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libm.so.6(0xb7ae7000)
libgcc_s.so.1=>/lib/libgcc_s.so.1(0xb7adb000)
libc.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(0xb798c000)
libXt.so.6=>/usr/lib/libXt.so.6(0xb793b000)
libSM.so.6=>/usr/lib/libSM.so.6(0xb7933000)
libICE.so.6=>/usr/lib/libICE.so.6(0xb791b000)
libGLcore.so.1=>/usr/lib/libGLcore.so.1(0xb6e05000)
libnvidia-tls.so.1=>/usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1(0xb6e03000)
libXau.so.6=>/usr/lib/libXau.so.6(0xb6e00000)
libxcb-xlib.so.0=>/usr/lib/libxcb-xlib.so.0(0xb6dfe000)
libxcb.so.1=>/usr/lib/libxcb.so.1(0xb6de6000)
/lib/ld-linux.so.2(0xb7f5b000)
libXdmcp.so.6=>/usr/lib/libXdmcp.so.6(0xb6de0000)
这样就完成了基本的安装，但是由于是Ubuntu环境，所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息：
qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
8.解决上面出现的问题
寻找到libtiff.so.4所在路径，然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。
find/-name libtiff.so.4-print
ln-s/usr/lib/libtiff.so.4/usr/lib/libtiff.so.3
9.测试软件是否安装成功
recon-all--help
会打印出一些关于软件的信息
tkmedit bert orig.mgz
tkmedit bert norm.mgz-segmentation aseg.mgz$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx
tksurfer bert rh pial
qdec
逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面
recon-all-s bert-autorecon1
会运行大概半个小时，如果没有什么问题说明软件安装成功了。
