ubuntu安装gromacs ubuntu系统
大家好，如果您还对ubuntu安装gromacs不太了解，没有关系，今天就由本站为大家分享ubuntu安装gromacs的知识，包括ubuntu系统的问题都会给大家分析到，还望可以解决大家的问题，下面我们就开始吧！
gromacs教程-15-wsl2.0安装
WSL2.0安装与配置教程
一、安装WSL2.0
首先，启用适用于Linux的Windows子系统。打开命令提示符并输入以下命令：
dism.exe/online/enable-feature/featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux/all/norestart
接着检查WSL2的要求。在运行中输入winver以检查Windows版本。
启用虚拟化：在命令提示符中输入下列命令：
dism.exe/online/enable-feature/featurename:VirtualMachinePlatform/all/norestart
下载并安装X64的WSL2 Linux内核升级包。
设置WSL默认版本为2。
二、安装Ubuntu20.04LTS
Ubuntu20.04LTS通常会自动添加到软件库中。若未安装，可自行搜索并安装。安装后，设置初始用户名和密码。如果遇到问题，请尝试重置网络。
设置root密码：
sudo passwd
三、配置SSH
修改/etc/ssh/sshd_config文件，开启以下选项：
PermitRootLogin yes#允许root认证登录
PasswordAuthentication yes#允许密码认证
RSAAuthentication yes#秘钥认证
PubkeyAuthentication yes
生成密钥文件以解决自带的openssh-server未生成密钥的问题。执行以下命令：
ssh-keygen-t dsa-f/etc/ssh/ssh_host_dsa_key
ssh-keygen-t rsa-f/etc/ssh/ssh_host_rsa_key
启动SSH服务：
service ssh start
设置开机启动SSH服务：
输入shell::startup进入开机启动项，创建wsl_ssh_start.bat文件，内容为：
C:\Users\用户名\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps\ubuntu2004.exe run"sudo service ssh restart"
设置默认root登录：
以管理员身份打开命令提示符，输入以下命令：
C:\Users\用户名\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps\ubuntu版本.exe config--default-user root
四、设置分发版本
检查WSL版本：
wsl-l-v
设置分发版本为某个WSL版本：
wsl--set-version
五、解决常见问题
安装失败并出现错误 0x80070003：确保分发版存储在系统驱动器上。
WslRegisterDistribution失败并出现错误 0x8007019e：启用“适用于 Linux的 Windows子系统”可选组件。
安装失败，出现错误 0x80070003或错误 0x80370102：检查CPU支持SLAT功能。
尝试升级时出错：检查Windows版本，并确保已启用适用于 Linux的 Windows子系统。
虚拟磁盘系统的某个限制：取消压缩和加密。
无法识别“wsl”命令：确保已安装“适用于 Linux的 Windows子系统”可选组件。
错误：此更新仅适用于装有适用于 Linux的 Windows子系统的计算机：检查Windows版本或重新启动。
WSL 2要求更新内核组件：安装Linux内核更新MSI包。
六、忘记WSL密码：使用特定命令进入根目录并更新密码。
安装gromacs：
安装gcc、g++、cmake：
sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install cmake
安装cuda（需要Nvidia显卡）：查看显卡驱动版本并下载对应版本的CUDA Toolkit。
配置环境变量：
echo'export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:$PATH'>>~/.bashrc
echo'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:$LD_LIBRARY_PATH'>>~/.bashrc
安装gromacs：
解压并配置构建环境：
tar xfz gromacs-2023.1.tar.gz
cd gromacs-2023.1
安装并测试gromacs。
如何在ubuntu环境下自动安装gromacs
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gromacs教程-13-CPU版-虚拟机安装
Ubuntu安装-无gpu加速版本
使用命令行安装Gromacs：sudo apt-get install gromacs。该方法适用于没有GPU的情况，适用于生成文件或者不希望使用个人电脑运行。
虚拟机-无gpu加速版本
1.访问官网下载VMware。
2.按照默认设置安装。
3.创建新虚拟机。
4.选择稍后安装操作系统。
5.确定虚拟机操作系统类型。
6.新建目录用于存放虚拟机。
7.配置映像文件。
8.完成虚拟机创建。
4.启动并安装虚拟机系统。
5.输入语言，正常安装。
6.选择磁盘分区。
7.填写虚拟机登录信息。
8.等待安装。
9.重启。
10.终端安装Gromacs：sudo apt-get install gromacs。
虚拟机共享主机文件
在VMware中，可以通过类似docker的方式挂载主机目录给虚拟机，方便在虚拟机上访问共享目录。
2.选择主机目录作为共享目录。
3.现在可以看到共享目录路径。
共享目录使用：
1.在虚拟机中进入共享文件。
2.复制虚拟机文件夹到共享文件：cp-Rf/home/database/*/mnt/hgfs/数据库/database/。
虚拟机可以访问主机目录，并可将运行结果直接保存在主机共享目录。
虚拟机共享主机文件夹无文件，mnt/hgfs路径为空。
1.打开共享文件夹。
2.运行虚拟机，命令行输入：su root。
3.分别输入以下命令：
1 cat>>/etc/fstab<< EOF
2.host://mnt/hgfs fuse.vmhgfs-fuse allow_other,defaults 0 0
3 EOF
4 exit
4.重启虚拟机后，即可看到 mnt/hgfs路径下的共享文件夹。
Gromacs运算
使用自己的电脑进行Gromacs运算而没有GPU加速，会浪费计算资源。若没有服务器的GPU，使用此方法较为合适，仅适合生成文件供其他高性能机器运行。
