ubuntu tcsh?下载Ubuntu
其实ubuntu tcsh的问题并不复杂,但是又很多的朋友都不太了解下载Ubuntu,因此呢,今天小编就来为大家分享ubuntu tcsh的一些知识,希望可以帮助到大家,下面我们一起来看看这个问题的分析吧!
如何在ubuntu上装freesurfer
1.从网上下载软件压缩包
在终端中使用如下命令:
ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu
用户名:anonymous;密码:空,即直接回车
cd pub/dist/freesurfer/4.5.0
dir
get freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
大约需要18个小时能下载完。
2.把文件移到需要安装的目录下,并解压缩,如放到/usr/local
mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz/usr/local
tar zxvf freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
3.安装tcsh
apt-get tcsh
4.配置环境变量
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
编辑~/.bashrc文件,在最后添加下面两个语句:
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
5.基本安装
在终端运行如下命令:
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
此时,终端上会打印如下信息:
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST(and FSL)
FREESURFER_HOME/usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME/usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR/usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR/usr/local/freesurfer/mni
6.将.license文件复制到$FREESURFER_HOME目录下
将进行注册的时候,收到的邮件中的#---------------CUT HERE---------------之间的三行复制到一个文件中,并命名为.license文件
将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中
7.安装其他库文件
cd bin
ldd tksurfer.bin
此时,会在终端打印如下信息:
linux-gate.so.1=>(0xb7f5a000)
libtix8.1.8.4.so=> not found(Tix8.4 ln-s)
libtk8.4.so=> not found(TK8.4)
libtcl8.4.so=>/usr/lib/libtcl8.4.so(0xb7e95000)或者是 not found
libGLU.so.1=>/usr/lib/libGLU.so.1(0xb7e12000)
libXmu.so.6=>/usr/lib/libXmu.so.6(0xb7dfc000)
libGL.so.1=>/usr/lib/libGL.so.1(0xb7d58000)
libXext.so.6=>/usr/lib/libXext.so.6(0xb7d4a000)
libX11.so.6=>/usr/lib/libX11.so.6(0xb7c63000)
libz.so.1=>/usr/lib/libz.so.1(0xb7c4d000)
libcrypt.so.1=>/lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1(0xb7c1b000)
libdl.so.2=>/lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2(0xb7c17000)
libpthread.so.0=>/lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0(0xb7bff000)
libstdc++.so.6=>/usr/lib/libstdc++.so.6(0xb7b0c000)
libm.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libm.so.6(0xb7ae7000)
libgcc_s.so.1=>/lib/libgcc_s.so.1(0xb7adb000)
libc.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(0xb798c000)
libXt.so.6=>/usr/lib/libXt.so.6(0xb793b000)
libSM.so.6=>/usr/lib/libSM.so.6(0xb7933000)
libICE.so.6=>/usr/lib/libICE.so.6(0xb791b000)
libGLcore.so.1=>/usr/lib/libGLcore.so.1(0xb6e05000)
libnvidia-tls.so.1=>/usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1(0xb6e03000)
libXau.so.6=>/usr/lib/libXau.so.6(0xb6e00000)
libxcb-xlib.so.0=>/usr/lib/libxcb-xlib.so.0(0xb6dfe000)
libxcb.so.1=>/usr/lib/libxcb.so.1(0xb6de6000)
/lib/ld-linux.so.2(0xb7f5b000)
libXdmcp.so.6=>/usr/lib/libXdmcp.so.6(0xb6de0000)
这样就完成了基本的安装,但是由于是Ubuntu环境,所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息:
qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
8.解决上面出现的问题
寻找到libtiff.so.4所在路径,然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。
find/-name libtiff.so.4-print
ln-s/usr/lib/libtiff.so.4/usr/lib/libtiff.so.3
9.测试软件是否安装成功
recon-all--help
会打印出一些关于软件的信息
tkmedit bert orig.mgz
tkmedit bert norm.mgz-segmentation aseg.mgz$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx
tksurfer bert rh pial
qdec
逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面
recon-all-s bert-autorecon1
会运行大概半个小时,如果没有什么问题说明软件安装成功了。
linux中#是什么意思
#相当于命令提示符,是bash这个shell默认提供给root账户的,实际运行中不需要你输入#符号,同理非root用户的提示符是$号
你可以在 PS1环境变量中随意设置这个提示符
几种常用终端的命令提示符
BASH: root账户:#,非root账户:$
KSH: root账户:#,非root账户:$
CSH[TCSH]: root账户:%,非root账户:%
其实类比来讲这个符号就想到与windows下命令行的>
将一行命令写入脚本其实非常简单
echo"command args">> scriptname
其中 command是命令 args是命令参数, scriptname是脚本名称
然后运行 chmod+x scriptname加上执行权限
如果需要开机运行,只需要将scriptname这个脚本链接到开机对应的运行级别里
比如你的运行级(init level)是5(通常的图形界面登录运行级)那么只需要 ln-s scriptname/etc/rc.d/rc5.d/scriptname即可其他运行级类似
(/etc/rc.d/rc5.d/并不固定,参考你的发行版设定)
这个是比较通用的办法,其他的例如 redhat企业版,可以直接在/etc/rc.d/rc.local中添加要执行的命令
linux中怎么从root用户切换到普通用户
如果当前是root用户,那么切换成普通用户test用以下命令:
su- test
root@ubuntu:~# su- test
[sudo] password for test:
test@ubuntu:~$
如果要切换回root用户,那么用以下命令:su或su-用户名root可以省略不写。切换回root用户时要输入root密码。一般直接输入exit命令来切换回root用户,这样就不用输入密码。
test@ubuntu:~$ exit
logout
root@ubuntu:~#
扩展资料
SU:( Switch user切换用户),可让一个普通用户切换为超级用户或其他用户,并可临时拥有所切换用户的权限,切换时需输入欲切换用户的密码;也可以让超级用户切换为普通用户,临时以低权限身份处理事务,切换时无需输入欲切换用户的密码。
参数
-c<指令>或--command=<指令>:执行一个指令后就恢复原来的身份;
-f或--fast:使shell不用读取启动文件,适用于csh和tcsh;
-,-l,--login:切换用户时,使环境变量(home,shell,user,logname,path等)和欲切换的用户相同、
不使用则取得用户的临时权限;
-m,-p,:变更身份时,保留环境变量不变;
-s<shell>,--shell=<shell>:指定执行命令的shell;
--help:显示帮助;
--version:显示版本信息;
用户账户:指定欲切换用户,默认切换为root。
注:root权限极高,几乎可以做任何事,谨慎使用,平时使用普通用户登录,必要时临时切换为root,用完即切换回普通用户。
参考资料:百度百科—su