ubuntu lammps(ubuntu14)
大家好,如果您还对ubuntu lammps不太了解,没有关系,今天就由本站为大家分享ubuntu lammps的知识,包括ubuntu14的问题都会给大家分析到,还望可以解决大家的问题,下面我们就开始吧!
Lammps安装(Ubuntu22.04)
对于在Ubuntu22.04系统(同样适用于CentOS)非root用户想要安装Lammps的情况,以下是详细的安装步骤:
1.环境配置: Lammps需要编译环境,首先选择g++作为编译器。
2.设置安装路径:到主目录(cd)然后到(opt或其他自选目录)的lammps文件夹,创建lammps安装目录。
3.下载包:从lammps官网获取安装包(Link1),复制链接并使用wget在lammps目录下下载。接着下载openmpi(Link2)和fftw3(Link3)。
4.安装fftw3和openmpi:使用tar解压并依次安装,设置安装路径,编辑.bashrc文件添加环境变量,最后source文件以生效。
5. lammps包安装:解压lammps包,进入src/MAKE/OPTION,修改Makefile以指向对应的fftw3和openmpi路径。在src目录下,使用make命令安装所需功能,如molecule、rigid等。
6.配置环境变量:最后,在~/.bashrc文件中添加lammps的安装路径,使环境变量生效。
完成以上步骤后,即可在终端中运行Lammps进行测试。如果遇到未知功能,可能需要额外安装相应的包,具体信息可参考Lammps官网的Package文档。
Ubuntu安装lammps(make+cmake)
要安装Ubuntu上的lammps,有两种方法可供选择:一是通过make,二是借助cmake。以下是详细步骤:
通过make安装
1.首先确保安装基础包。
2.下载lammps压缩包到指定目录。
3.解压下载的文件。
4.安装fftw到默认路径/usr/local,以简化后续编译。
5.为lammps安装mpich,同样设置为默认路径。
6.进行lammps安装,会生成lmp_mpi文件。如果缺少某些package,先安装MANYBODY, KSPACE, MOLECULE, MISC,然后重新make mpi。
7.测试安装,运行正常后,可将lmp_mpi路径添加到PATH环境变量中。
8.检查运行,确认lammps完美运行。
通过cmake安装
1.安装基础包。
2.安装mpich,选择默认位置。
3.更新cmake到较高版本,以确保兼容性。
4.跟随cmake的指示进行lammps安装。
5.安装完成后测试,可能会遇到MISC package未启用的错误。
6.针对需要的package,启用并使用`sudo make install`进行更新。
Ubuntu 安装LAMMPS软件
即将安装LAMMPS软件,幸运的是,某乎上的大佬们仍然在提供帮助。之前的安装过程主要是按照他们的方法进行的。
大佬详细讲解了make和cmake的安装步骤,大家可以参考以下链接:Ubuntu安装lammps(make+cmake)-知乎(zhihu.com)
我个人更倾向于使用cmake方法安装,其优点在于可以随时删除整个build文件夹,然后重新配置和安装,整个过程非常顺畅。当然,make方法也不错,完全取决于个人习惯。
以下仅记录cmake安装方法,习惯使用make安装的用户请另寻他处,以免浪费宝贵时间。
1.安装基础包
打开终端,依次输入:
2.下载安装包
打开终端,依次输入:
#下载fftw-3.3.8.tar.gz
#下载mpich-3.3.2.tar.gz
#下载lammps-stable.tar.gz
(提示:链接是copy大佬的,我使用的也是fftw3.38与mpich3.32版本,安装包一直保存着)
3.安装fftw
打开终端,依次输入:
4.安装mpich
打开终端,依次输入:
5.安装lammps
打开终端,输入:
随后将lammps-stable文件夹名称改为lammps(只保留lammps即可)
需要编译其他扩展包请参考lammps手册的相关命令
3.7. Packages with extra build options— LAMMPS documentation
6.1. Available Packages— LAMMPS documentation
例如,我的编译命令是:
#cmake的另一个好处在于,可以一次性编译多个扩展包,但容易报错,哈哈哈,报错时需要逐个关闭,再进行make尝试,程序通过即可;
#例如我编译上面的命令时发现VORONOI扩展包与其他某个包不匹配,报了错,于是关闭了这个扩展包,在终端输入:
通过了是这个界面:
安装完成。
6.添加环境变量
在/home目录下打开终端,输入:
在文档末尾加入两行:
保存并关闭文档,在终端输入:
7.测试安装是否成功
打开终端,依次输入:
###其他多种提交计算的命令,请参考LAMMPS手册:
4.1. Basics of running LAMMPS— LAMMPS documentation###
输出为下图则表示成功:
恭喜安装成功!