ubuntu hdf5 ubuntu14

大家好，今天来为大家分享ubuntu hdf5的一些知识点，和ubuntu14的问题解析，大家要是都明白，那么可以忽略，如果不太清楚的话可以看看本篇文章，相信很大概率可以解决您的问题，接下来我们就一起来看看吧！

IBAMR在Linux系统的安装

IBAMR软件是分布式内存并行浸没边界方法的实现，支持笛卡尔网格自适应网格细化，通过MPI支持分布式内存并行。本文将指导在Ubuntu 22.04系统上安装IBAMR。

在安装Boost、Eigen、HDF5、Silo和MPI时，参照官网的Linux安装指南。但需要注意的是，Boost版本应高于1.66.0，而非指定的1.60.0。

安装PETSc时，请遵循以下步骤：首先指定PETSc目录和版本（release），然后在当前目录下执行configure命令，设置安装目标路径prefix。根据提示完成安装过程。

安装libMesh时，应选择Opt版本而非debug版本。在编译前，需将petscconf.h文件路径替换到petscversion.h文件路径，此步骤需根据已安装PETSc目录中的linux-opt/include/petscversion.h文件执行。完成configure后，执行编译命令。

在所有准备工作完成后，参照官网的CMake部分，完成IBAMR的编译。至此，IBAMR在Linux系统上的安装步骤已详尽阐述。请注意，具体路径和命令可能因不同系统环境有所变化。

关于CGNS在Debian下的编译问题

CGNS库在Linux系统中的安装与编译常常会遇到一些问题，特别是在Debian系统下。初始安装时，Debian默认的CGNS库可以通过

bash

sudo apt install libhdf5-dev libcgns-dev

在Ubuntu上，这个过程通常无缝进行，编译和运行CGNS示例代码没有问题。然而，在Debian 10环境下，同样的命令在编译时会出现链接错误，特别是在涉及到HDF5库时。

通过`ldd libcgns.so`的输出，我们发现Debian的libcgns.so没有默认链接到HDF5库。对比Ubuntu 20.04，HDF5相关库如libhdf5_serial.so.103在Debian中缺失。解决方法是手动在CMakeLists.txt文件中添加

cmake

target_link_libraries(${EXECUTABLE_TARGET_NAME}${CGNS_LIBRARIES}${HDF5_LIBRARIES})

这样编译后，`sudo./bin/CGNSPrj`命令能够成功运行，表明问题得到了解决。尽管HDF5在CGNS中的应用应该是默认配置，但在实际操作中，可能需要额外配置来满足需求。

遇到类似问题的开发者可以根据这个经验进行调整，确保在Debian系统中正确链接和配置CGNS库。这并不是一个孤立的案例，而是解决此类问题的一种实用方法，适用于需要在Debian环境下使用CGNS的开发者。