ubuntu fsl，ubuntu grub
其实ubuntu fsl的问题并不复杂，但是又很多的朋友都不太了解ubuntu grub，因此呢，今天小编就来为大家分享ubuntu fsl的一些知识，希望可以帮助到大家，下面我们一起来看看这个问题的分析吧！
Linux下fsl安装
1. 打开FSL官网
对应如下界面，请选择自己的
1）操作系统比如Ubuntu 18
2）国内源如清华源（3个China的都可以）
3） Only software
2. 在终端输入命令
wget-O- sudo tee/etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
注意：有些博主反应这里会卡顿，可以耐心等一会儿或者按enter键。
3. 在终端输入命令
sudoapt-key adv--recv-keys--keyserver hkp://pool.sks keyservers.net:800xA5D32F012649A5A9
4. Update
在终端输入命令sudo apt-get update
5. 安装FSL
注意上面步骤完全都是根据FSL官网上的提示来的
安装FSL官网给的命令是sudo apt-get install fsl-complete
但我用这个命令老提示找不到对应安装包所以更改为sudo apt-get install fsl
6. 配置环境变量
终端输入命令gedit/etc/bash.bashrc
然后在打开的/etc/bash.bashrc文件最后加上./etc/fsl/fsl.sh
注意：1）有些博主提供的文件位置为etc/fsl，但我的是/etc/bash.bashrc（如上图）
2）我在打开之后文件为read-only不能编辑，解决方法是采用chmod命令修改文件读写权限
sudo chmod 777/etc/bash.bashrc #每个用户都有读和写以及执行的权限
sudo chmod a+rw/etc/bash.bashrc #每个用户都有读写的权限
上面两个命令均可
执行后再用gedit/etc/bash.bashrc打开，不再出现read-only
修改完之后保存文件，环境变量配置成功。
7. 打开fsl
关闭终端后再次打开，输入fsl即可看到
ubuntu安装python3ubuntu安装最新版本的Python310
ubuntu安装最新版本的 Python3.10
本教程需在 root下执行。
查看当前 python3的版本
$ python3--versionPython 3.8.10升级包及安装环境前置信赖apt updateapt install software-properties-common添加 deadsnakes PPA到源列表
安装过程中需要按 Enter进入下一步add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppaapt update查看软件包是否包含 python3.10apt list| grep python3.10查看软件包是否包含 python3.10
安装 python3.10
apt install python3.10查看当前 Python版本，发现版本未更新$ python3--versionPython 3.8.10设置默认版本为 Python3.10update-alternatives--install/usr/bin/python3 python3/usr/bin/python3.8 1update-alternatives--install/usr/bin/python3 python3/usr/bin/python3.10 2设置默认版本为 Python3.10
执行，选择默认版本
update-alternatives--config python3查看最新的 Python版本$ python--versionPython 3.10.0请勿移除旧版本的 Python3.8，否则可能会导致一系列的问题。修复 pip和 disutils执行 pip--version会报错：
ModuleNotFoundError: No module named'distutils.util'执行 pip--version会报错
解决：
apt install python3.10-distutils重装 pipcurl-fSL sudo python重装 pip
如何在ubuntu上装freesurfer
1.从网上下载软件压缩包
在终端中使用如下命令：
ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu
用户名：anonymous；密码：空，即直接回车
cd pub/dist/freesurfer/4.5.0
dir
get freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
大约需要18个小时能下载完。
2.把文件移到需要安装的目录下，并解压缩，如放到/usr/local
mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz/usr/local
tar zxvf freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
3.安装tcsh
apt-get tcsh
4.配置环境变量
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
编辑~/.bashrc文件，在最后添加下面两个语句：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
5.基本安装
在终端运行如下命令：
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
此时，终端上会打印如下信息：
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST(and FSL)
FREESURFER_HOME/usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME/usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR/usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR/usr/local/freesurfer/mni
6.将.license文件复制到$FREESURFER_HOME目录下
将进行注册的时候，收到的邮件中的#---------------CUT HERE---------------之间的三行复制到一个文件中，并命名为.license文件
将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中
7.安装其他库文件
cd bin
ldd tksurfer.bin
此时，会在终端打印如下信息：
linux-gate.so.1=>(0xb7f5a000)
libtix8.1.8.4.so=> not found(Tix8.4 ln-s)
libtk8.4.so=> not found(TK8.4)
libtcl8.4.so=>/usr/lib/libtcl8.4.so(0xb7e95000)或者是 not found
libGLU.so.1=>/usr/lib/libGLU.so.1(0xb7e12000)
libXmu.so.6=>/usr/lib/libXmu.so.6(0xb7dfc000)
libGL.so.1=>/usr/lib/libGL.so.1(0xb7d58000)
libXext.so.6=>/usr/lib/libXext.so.6(0xb7d4a000)
libX11.so.6=>/usr/lib/libX11.so.6(0xb7c63000)
libz.so.1=>/usr/lib/libz.so.1(0xb7c4d000)
libcrypt.so.1=>/lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1(0xb7c1b000)
libdl.so.2=>/lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2(0xb7c17000)
libpthread.so.0=>/lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0(0xb7bff000)
libstdc++.so.6=>/usr/lib/libstdc++.so.6(0xb7b0c000)
libm.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libm.so.6(0xb7ae7000)
libgcc_s.so.1=>/lib/libgcc_s.so.1(0xb7adb000)
libc.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(0xb798c000)
libXt.so.6=>/usr/lib/libXt.so.6(0xb793b000)
libSM.so.6=>/usr/lib/libSM.so.6(0xb7933000)
libICE.so.6=>/usr/lib/libICE.so.6(0xb791b000)
libGLcore.so.1=>/usr/lib/libGLcore.so.1(0xb6e05000)
libnvidia-tls.so.1=>/usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1(0xb6e03000)
libXau.so.6=>/usr/lib/libXau.so.6(0xb6e00000)
libxcb-xlib.so.0=>/usr/lib/libxcb-xlib.so.0(0xb6dfe000)
libxcb.so.1=>/usr/lib/libxcb.so.1(0xb6de6000)
/lib/ld-linux.so.2(0xb7f5b000)
libXdmcp.so.6=>/usr/lib/libXdmcp.so.6(0xb6de0000)
这样就完成了基本的安装，但是由于是Ubuntu环境，所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息：
qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
8.解决上面出现的问题
寻找到libtiff.so.4所在路径，然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。
find/-name libtiff.so.4-print
ln-s/usr/lib/libtiff.so.4/usr/lib/libtiff.so.3
9.测试软件是否安装成功
recon-all--help
会打印出一些关于软件的信息
tkmedit bert orig.mgz
tkmedit bert norm.mgz-segmentation aseg.mgz$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx
tksurfer bert rh pial
qdec
逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面
recon-all-s bert-autorecon1
会运行大概半个小时，如果没有什么问题说明软件安装成功了。
