ubuntu fftw(ubuntu lts)

Ubuntu 安装LAMMPS软件

即将安装LAMMPS软件,幸运的是,某乎上的大佬们仍然在提供帮助。之前的安装过程主要是按照他们的方法进行的。

大佬详细讲解了make和cmake的安装步骤,大家可以参考以下链接:Ubuntu安装lammps(make+cmake)-知乎(zhihu.com)

我个人更倾向于使用cmake方法安装,其优点在于可以随时删除整个build文件夹,然后重新配置和安装,整个过程非常顺畅。当然,make方法也不错,完全取决于个人习惯。

以下仅记录cmake安装方法,习惯使用make安装的用户请另寻他处,以免浪费宝贵时间。

1.安装基础包

打开终端,依次输入:

2.下载安装包

打开终端,依次输入:

#下载fftw-3.3.8.tar.gz

#下载mpich-3.3.2.tar.gz

#下载lammps-stable.tar.gz

(提示:链接是copy大佬的,我使用的也是fftw3.38与mpich3.32版本,安装包一直保存着)

3.安装fftw

打开终端,依次输入:

4.安装mpich

打开终端,依次输入:

5.安装lammps

打开终端,输入:

随后将lammps-stable文件夹名称改为lammps(只保留lammps即可)

需要编译其他扩展包请参考lammps手册的相关命令

3.7. Packages with extra build options— LAMMPS documentation

6.1. Available Packages— LAMMPS documentation

例如,我的编译命令是:

#cmake的另一个好处在于,可以一次性编译多个扩展包,但容易报错,哈哈哈,报错时需要逐个关闭,再进行make尝试,程序通过即可;

#例如我编译上面的命令时发现VORONOI扩展包与其他某个包不匹配,报了错,于是关闭了这个扩展包,在终端输入:

通过了是这个界面:

安装完成。

6.添加环境变量

在/home目录下打开终端,输入:

在文档末尾加入两行:

保存并关闭文档,在终端输入:

7.测试安装是否成功

打开终端,依次输入:

###其他多种提交计算的命令,请参考LAMMPS手册:

4.1. Basics of running LAMMPS— LAMMPS documentation###

输出为下图则表示成功:

恭喜安装成功!

Lammps安装(Ubuntu22.04)

对于在Ubuntu22.04系统(同样适用于CentOS)非root用户想要安装Lammps的情况,以下是详细的安装步骤:

1.环境配置: Lammps需要编译环境,首先选择g++作为编译器。

2.设置安装路径:到主目录(cd)然后到(opt或其他自选目录)的lammps文件夹,创建lammps安装目录。

3.下载包:从lammps官网获取安装包(Link1),复制链接并使用wget在lammps目录下下载。接着下载openmpi(Link2)和fftw3(Link3)。

4.安装fftw3和openmpi:使用tar解压并依次安装,设置安装路径,编辑.bashrc文件添加环境变量,最后source文件以生效。

5. lammps包安装:解压lammps包,进入src/MAKE/OPTION,修改Makefile以指向对应的fftw3和openmpi路径。在src目录下,使用make命令安装所需功能,如molecule、rigid等。

6.配置环境变量:最后,在~/.bashrc文件中添加lammps的安装路径,使环境变量生效。

完成以上步骤后,即可在终端中运行Lammps进行测试。如果遇到未知功能,可能需要额外安装相应的包,具体信息可参考Lammps官网的Package文档。

安装lammps前需要安装fftw和mpich吗

必须的,记住安装路径,编译lammps时要修改makefile.g++文件,需要用到fftw和mpich的路径。另外系统还要安装g++,或者,直接安装build-essential也行。fftw最好用2-1.5版本的,mpich也用2-1.5版本的。

建议不要用笔记本电脑运行lammps,对本本伤害很大,用笔记本来测试还是可行的。一般lammps的计算量非常大,动则上百万千万步,用一个CPU算太慢,所以lammps通常都是并行版,并行版的意思就是你可以同时利用多个CPU进行同一个计算。有计算任务的时候先用本本测试脚本是否可以运行,用vmd查看建立的模型是不是自己想要的,如果没问题再拿到台式机上运行。

fftw的安装路径可以自己选择,但如果不是在主文件夹下的话,需要用root身份安装。安装时没有出现错误之类的提示,那么就是安装成功了。

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