r语言linux安装(linux编译安装软件)
R语言TCGAbiolinks安装不了
如果你在安装R包"TCGAbiolinks"时遇到问题，这可能是由于多种原因造成的。以下是一些可能的问题和相应的解决方案：
1.**首先确认你的R版本**:
"TCGAbiolinks"可能需要较新版本的R。查看包的CRAN页面或GitHub页面了解它需要的最低R版本，并确保你的R版本满足这一要求。
2.**安装最新版本的Bioconductor**:
"TCGAbiolinks"是Bioconductor的一部分，确保你安装了最新版本的Bioconductor。你可以使用以下代码来安装Bioconductor：
```R
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly= TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version="3.14")#注意替换为最新的Bioconductor版本
```
3.**直接从Bioconductor安装TCGAbiolinks**:
使用Bioconductor的安装方法来安装"TCGAbiolinks"包：
```R
BiocManager::install("TCGAbiolinks")
```
4.**检查依赖包**:
"TCGAbiolinks"可能有一些依赖包，有些依赖包可能也很难安装。检查安装过程中的错误信息，看看是否有特定的包导致问题，并尝试单独安装那些包。
5.**安装开发版本**:
如果正式版本的"TCGAbiolinks"安装失败，你可以尝试安装它的开发版本。通常位于GitHub上：
```R
BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")
```
注意，使用开发版本可能会引入不稳定性。
6.**检查操作系统的依赖**:
有些时候，特别是在Linux系统上，某些R包可能需要操作系统层面的依赖。检查是否所有必要的系统库都已安装。
7.**查看错误信息**:
如果安装失败，详细的错误信息将是解决问题的关键所在。在R的控制台中检查错误信息可以提供更多线索。
8.**检查网络问题**:
如果是网络问题导致无法安装，尝试更换网络环境或使用代理。
9.**手动下载包**:
有时直接从Bioconductor或CRAN的网站上手动下载包的源码，并尝试在R中本地安装也是一个选项。
如果在尝试了上述解决方案之后仍然无法解决问题，建议你可以在R的控制台里提供的错误信息中寻找更具体的线索，或者在Stack Overflow、Bioconductor的支持论坛或者是"TCGAbiolinks"的GitHub issues页面上寻求帮助，通常会有更多的专家和开发者可以提供帮助。记得在寻求帮助时提供尽可能详细的错误信息和你的会话信息（使用 `sessionInfo()`函数）。
r语言linux安装r语言linux
如何在linux环境下使用r语言？
1、下载
wget
2、解压：
tar-zxvf
R-3.0.1.tar.gz
cdR-3.0.1
3、安装(当然也可以跳过)
yum
installreadline-devel
yuminstalllibXt-devel
./configure
4、配置环境并编译安装
#
如果使用rJava需要加上--enable-R-shlib
(这个我不需要，所以加入到后面)
#如果3没安装,那么后面加上：--with-readline=no
--with-x=no
./configure--prefix=/usr/R-3.0.1
make$$makeinstall
5、配置环境变量并生效
vi
.bash_profile
exportR_HOME=/usr/R-3.0.1
exportPATH=.:$R_HOME/bin:$PATH
#试环境变量生效
source.bash_profile
6、命令行测试
$R
WARNING:ignoringenvironmentvalueofR_HOME
Rversion3.0.1(2013-05-16)--"GoodSport"
Copyright(C)2013TheRFoundationforStatisticalComputing
Platform:x86_64-unknown-linux-gnu(64-bit)
R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
>q()
7、创建脚本测试(t.R)
cd
/opt/script/R
vimt.R
#!/path/to/Rscript
#第一行
x-c(1,2,3)
#R语言代码
y-c(102,299,301)
model-lm(y~x)
summary(model)
8、测试：执行脚本
RCMDBATCH
--args/opt/script/R/t.R
more
/opt/script/R/t.Rout
#查看执行的结果
或者第二种方式
Rscript
/opt/script/R/test.R
#结果直接输出到终端
linux系统ll命令后下边显示的-rw-r是什么意思？
-rw，其中-代表普通文件；r代表读权限；w代表写权限；
-r，其中-代表普通文件；r代表读权限；
还有x代表可执行权限，例如-rwx，代表可读、可写、可执行。
linuxchownr使用方法？
指令名称:chown使用权限:root使用方式:chownuserfile?利用chown可以将档案的拥有者加以改变。这个指令只有是由系统管理者(root)所使用，一般使用者没有权限可以改变别人的档案拥有者，也没有权限可以自己的档案拥有者改设为别人。只有系统管理者(root)才有这样的权限。参数：-R或-recursive：递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理
linux与windows使用r有差别吗？
差别还是蛮大的，两个很多操作都不一样，Linux现在已经在模仿windows的界面，但是还是有细微的差别。
在linux中，某文件的权限为：d-rw-_r--_r--，请用数值形式表示该权限是多少？
文件权限一共有十位，第1位为文档类型，后面9位为用户权限，其中后面9位每3位为一组，依次表示文档拥有者的权限，文档所属群组的权限和其他人的权限。
每个3位的权限所在位置是固定的，依次是rwx，如果该用户拥有该权限，则对应位用字母表示，否则用-表示。文档类型包括5种，分别为d：表示目录；-：表示文件；
l：表示问连接文档；
b：表示装置文件里面的可供存储的设备接口；
c：表示装置文件里面的串行端口设备。文件的权限只有3种：r，读权限；w，写权限；x，执行权限。权限可以用数字表示分别为，r：4，w：2，x：1。扩展资料Linux系统中使用chmod命令来更改文件的权限。
mode指权限设定的字串，格式为，可以指定多个mode，以逗号分开。
file指文件名。
如何在linux环境下使用r语言
1、下载
wget
2、解压：
tar-zxvf
R-3.0.1.tar.gz
cdR-3.0.1
3、安装(当然也可以跳过)
yum
installreadline-devel
yuminstalllibXt-devel
./configure
4、配置环境并编译安装
#
如果使用rJava需要加上--enable-R-shlib
(这个我不需要，所以加入到后面)
#如果3没安装,那么后面加上：--with-readline=no
--with-x=no
./configure--prefix=/usr/R-3.0.1
make$$makeinstall
5、配置环境变量并生效
vi
.bash_profile
exportR_HOME=/usr/R-3.0.1
exportPATH=.:$R_HOME/bin:$PATH
#试环境变量生效
source.bash_profile
6、命令行测试
$R
WARNING:ignoringenvironmentvalueofR_HOME
Rversion3.0.1(2013-05-16)--"GoodSport"
Copyright(C)2013TheRFoundationforStatisticalComputing
Platform:x86_64-unknown-linux-gnu(64-bit)
R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
>q()
7、创建脚本测试(t.R)
cd
/opt/script/R
vimt.R
#!/path/to/Rscript
#第一行
x-c(1,2,3)
#R语言代码
y-c(102,299,301)
model-lm(y~x)
summary(model)
8、测试：执行脚本
RCMDBATCH
--args/opt/script/R/t.R
more
/opt/script/R/t.Rout
#查看执行的结果
或者第二种方式
Rscript
/opt/script/R/test.R
#结果直接输出到终端
