centos fsl，centos kde
这篇文章给大家聊聊关于centos fsl，以及centos kde对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站哦。
如何在ubuntu上装freesurfer
1.从网上下载软件压缩包
在终端中使用如下命令：
ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu
用户名：anonymous；密码：空，即直接回车
cd pub/dist/freesurfer/4.5.0
dir
get freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
大约需要18个小时能下载完。
2.把文件移到需要安装的目录下，并解压缩，如放到/usr/local
mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz/usr/local
tar zxvf freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz
3.安装tcsh
apt-get tcsh
4.配置环境变量
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
编辑~/.bashrc文件，在最后添加下面两个语句：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
5.基本安装
在终端运行如下命令：
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
此时，终端上会打印如下信息：
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST(and FSL)
FREESURFER_HOME/usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME/usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR/usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR/usr/local/freesurfer/mni
6.将.license文件复制到$FREESURFER_HOME目录下
将进行注册的时候，收到的邮件中的#---------------CUT HERE---------------之间的三行复制到一个文件中，并命名为.license文件
将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中
7.安装其他库文件
cd bin
ldd tksurfer.bin
此时，会在终端打印如下信息：
linux-gate.so.1=>(0xb7f5a000)
libtix8.1.8.4.so=> not found(Tix8.4 ln-s)
libtk8.4.so=> not found(TK8.4)
libtcl8.4.so=>/usr/lib/libtcl8.4.so(0xb7e95000)或者是 not found
libGLU.so.1=>/usr/lib/libGLU.so.1(0xb7e12000)
libXmu.so.6=>/usr/lib/libXmu.so.6(0xb7dfc000)
libGL.so.1=>/usr/lib/libGL.so.1(0xb7d58000)
libXext.so.6=>/usr/lib/libXext.so.6(0xb7d4a000)
libX11.so.6=>/usr/lib/libX11.so.6(0xb7c63000)
libz.so.1=>/usr/lib/libz.so.1(0xb7c4d000)
libcrypt.so.1=>/lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1(0xb7c1b000)
libdl.so.2=>/lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2(0xb7c17000)
libpthread.so.0=>/lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0(0xb7bff000)
libstdc++.so.6=>/usr/lib/libstdc++.so.6(0xb7b0c000)
libm.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libm.so.6(0xb7ae7000)
libgcc_s.so.1=>/lib/libgcc_s.so.1(0xb7adb000)
libc.so.6=>/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(0xb798c000)
libXt.so.6=>/usr/lib/libXt.so.6(0xb793b000)
libSM.so.6=>/usr/lib/libSM.so.6(0xb7933000)
libICE.so.6=>/usr/lib/libICE.so.6(0xb791b000)
libGLcore.so.1=>/usr/lib/libGLcore.so.1(0xb6e05000)
libnvidia-tls.so.1=>/usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1(0xb6e03000)
libXau.so.6=>/usr/lib/libXau.so.6(0xb6e00000)
libxcb-xlib.so.0=>/usr/lib/libxcb-xlib.so.0(0xb6dfe000)
libxcb.so.1=>/usr/lib/libxcb.so.1(0xb6de6000)
/lib/ld-linux.so.2(0xb7f5b000)
libXdmcp.so.6=>/usr/lib/libXdmcp.so.6(0xb6de0000)
这样就完成了基本的安装，但是由于是Ubuntu环境，所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息：
qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
8.解决上面出现的问题
寻找到libtiff.so.4所在路径，然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。
find/-name libtiff.so.4-print
ln-s/usr/lib/libtiff.so.4/usr/lib/libtiff.so.3
9.测试软件是否安装成功
recon-all--help
会打印出一些关于软件的信息
tkmedit bert orig.mgz
tkmedit bert norm.mgz-segmentation aseg.mgz$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx
tksurfer bert rh pial
qdec
逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面
recon-all-s bert-autorecon1
会运行大概半个小时，如果没有什么问题说明软件安装成功了。
centos提交完命令终端卡住
1.在CentOS上执行以下命令查看硬盘使用状态：
df-h
发现命令卡住不动，Ctrl+c也无法终结该命令。
2.安装strace:
yum install strace
strace是一个非常简单的工具，它可以跟踪系统调用的执行。最简单的方式，它可以从头到尾跟踪binary的执行，然后以一行文本输出系统调用的名字，参数和返回值。
3.通过strace跟踪df命令执行情况：
strace df-h
………………
stat("/sys/fs/cgroup/hugetlb",{st_mode=S_IFDIR|0755, st_size=0,...})= 0
stat("/sys/kernel/config",{st_mode=S_IFDIR|0755, st_size=0,...})= 0
stat("/",{st_mode=S_IFDIR|0555, st_size=4096,...})= 0
stat("/proc/sys/fs/binfmt_misc", ^C
该命令在stat("/proc/sys/fs/binfmt_misc"处卡住，我们到该目录看一下情况。
执行：
cd/proc/sys/fs
ls
ls命令同样卡住，问题就出在该目录了。
4.解决办法
网上查了一下，是挂载方面的问题，执行以下命令可以解决：
systemctl restart proc-sys-fs-binfmt_misc.automount
