centos 7 clang?centos 8
很多朋友对于centos 7 clang和centos 8不太懂,今天就由小编来为大家分享,希望可以帮助到大家,下面一起来看看吧!
CentOS7配置Rosetta安装教程
Rosetta是一个在计算结构生物学领域具有重要地位的软件工具,它包含了一系列用于蛋白质结构建模和分析的算法与评分函数,适用于蛋白质设计、酶设计、分子对接及生物大分子复合物的结构预测等任务。要使用Rosetta,首先需要下载其源代码。
Rosetta提供两种版本,稳定正式版本和每周更新版本。选择每周版本,因为它包含最新功能和bug修复,推荐访问rosettacommons.org网站获取源代码。
安装Rosetta需要依赖OPENMPI与BOOST库。对于编译器,推荐使用Clang3.4.2,它不仅兼容C++11特性,且性能更佳。GCC版本8.21也能满足编译需求。确保使用mpiclang运行时,以避免干扰其他gcc编译环境。
编译多线程模式的Rosetta,例如利用40个核进行编译。测试安装后,确保Rosetta能正常运行。
PyRosetta是Python接口的Rosetta,提供多种安装方式。Release包编译较为直接,适合快速部署,但可能不兼容Anaconda。通过Anaconda源安装,步骤见jianshu.com/p/bc9b49930文章,此法完全兼容Anaconda环境。源代码编译则适用于Python2.7环境,注意需要大量内存以支持复杂编译过程。
Fortran 77环境搭建
Fortran77环境搭建指南
对于使用F77版本编译器的程序员,新版本的gfortran编译器可能在处理老程序时存在运行时错误或语法兼容性问题,如F77中的大内存指标在新版本的GCC中已被删除。本文将指导您在Ubuntu和Centos7系统上安装F77编译器,并介绍Flang的安装。所使用的GCC对应版本为3.4.6。
Ubuntu系统中安装F77编译器相对简便。请访问Ubuntu的deb源网址下载所需deb包。包列表如下:
gcc-3.4-base_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
cpp-3.4_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
gcc-3.4_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
libg2c0_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
libg2c0-dev_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
g77-3.4_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
gpc-2.1-3.4_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
libstdc++6-dbg_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
libstdc++6-dev_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
libstdc++6-pic_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
lib32g2c0_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
g++-3.4_3.4.6-6ubuntu5_amd64.deb
所有包已整理至百度网盘,文件夹内包含上述deb包。进入解压文件夹后,依次执行安装命令,注意按顺序执行以避免遇到库依赖问题。
安装完成后,bin目录下将生成g77-3.4编译器,您可以将其重命名或创建软链接为f77。
Ubuntu和WSL环境均可测试此方法。
在Centos7系统上安装F77较为复杂,需要从源码编译。请先下载源代码至指定目录,并在该目录外创建编译目录,如“build”。随后在编译目录中进行F77代码的编译。
Flang是Clang中添加的Fortran项目,提供了类似解释性语言的REPL,有兴趣的用户可尝试安装并体验。
F77作为早期版本的Fortran,主要作为历史资料参考,不推荐使用如goto、common等命令,由于调试复杂且在O3及以上优化时可能产生意想不到的问题。
PostgreSQL安装roaringbitmap插件
DB version: PostgreSQL 12.3 on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc(GCC) 4.8.5 20150623(Red Hat 4.8.5-39), 64-bit
OS: CentOS Linux release 7.7.1908(Core)
roaringbitmap: roaringbitmap-0.5
roaringbitmap插件github地址:
作者github地址里的安装过程写的比较简单,一路碰到不少坑,记录下来供参考。
1.查看当前安装的pg,确保只有一个版本存在
2.确认当前环境变量配置
3.确认postgres主机账号已设置密码
4.确认postgres主机账号已添加至sudoers文件中
1.安装 llvm-toolset-7-clang>= 4.0.1
2.安装 llvm5.0-devel>= 5.0
3.安装postgresql12-devel
1.make(warning不用理会,没有error即可)
2.make install(如果此步骤缺少后面的四行输出则会遇到后面的报错3)
见github地址
报错1:未配置环境变量以及未安装 postgresql12-devel开发包
报错2:未安装依赖包 llvm5.0-devel>= 5.0和 llvm-toolset-7-clang>= 4.0.1
报错3.make install步骤不完整导致报错 Float8GetDatum