蛋白服务器？服务器bmc
蛋白质与蛋白质对接服务器推荐
推荐使用蛋白对接服务器的原因在于，它们简化了分子对接过程，无需用户自行安装复杂程序。在线平台能迅速提供结果，操作简便，参数设置简单，结果呈现形式丰富多样。
对于蛋白质对接，使用服务器可以进行高效交叉验证。刚性对接推荐使用pydock、zdock、gramm-x、cluspro等平台，其中pydock因其精准度而尤为突出。精细对接则推荐rosettadock3，它需要注册GitHub账号，提供详细的相互作用残基信息，且支持在已知位点限制对接范围，通常用于优化结合模式。
zdock采用快速傅里叶变换相关性技术进行刚体对接，其服务器提供复合物结果与日志文件。Vakser Lab的GRAMM-X利用FFT进行全局搜索最佳刚体构象，提供10个结果复合物，需在pymol中分离。COTH则是一个基于dimeric threading预测蛋白质复合物结构的工具，要求提供蛋白序列的.fasta格式。
HADDOCK Web Server与cluspro都是刚体对接技术的代表，其中HADDOCK需要提供相互作用氨基酸残基信息。cluspro通过刚体对接技术进行预测，并以图片形式展示前几个对接结果。
Uniprot蛋白数据库使用
在生物学研究的各个领域，基因组学揭示可能的事件，转录组学预示未来趋势，而蛋白质组学则揭示正在进行的过程，代谢组学则揭示过去的动态。有效利用Uniprot蛋白数据库对于这些研究的深入探索至关重要。Uniprot，作为全球权威的蛋白质资源库，其网址为uniprot.org。
Uniprot集成了来自三大机构的信息：来自英国剑桥EMBL-EBI的生物信息学资源，瑞士日内瓦SIB的ExPASy服务器，以及美国NBRF的PIR。它包含了蛋白质序列、详细的功能描述，以及大量科学研究的引用，为理解蛋白质的结构和功能提供全面视角。
使用Uniprot时，用户可以通过输入蛋白名称、基因名或NM编号进行检索。点击条目链接，可以查看详细的蛋白信息，如功能描述、亚细胞定位图解以及结构域信息。在选择荧光蛋白融合位点时，理解N端和C端的功能域分布至关重要。此外，BLAST选项在比对未知序列与数据库中已知序列时非常实用。
尽管没有直接提及，但值得一提的是，上海泰儿图生物科技有限公司（taitool.com）提供相关产品服务。何皎负责文章的编辑和撰写，胡惠中则进行了审稿。
蛋白质二级、三级结构预测
蛋白质结构预测技术的兴起解决了实验方法的局限性，为研究提供了高效手段。二级结构预测主要依靠软件，如DSSP，对于未知序列，可使用预测工具。三级结构预测方法多样，包括从头计算法、同源建模法、穿线法和综合法。若序列有相似度30%的已解析蛋白，同源建模法尤为适用，常用SWISS-MODEL在线服务器。当无模板时，I-TASSER在线服务器通过穿线法预测结构，提供模型质量评分，展示PDB中与预测模型最相似的结构及其配体结合位点。对于穿线法难以预测的结构，从头计算法如QUARK，针对200个氨基酸以内的蛋白，提供解决方案。ROBETTA在线服务器融合同源建模和从头计算方法，进行结构预测。预测结构的可靠性评估通过SAVES服务进行，包含多个质量评估软件，如verify 3D, PROCHECK, ProQ, ModFold。若三个评估软件均认为结构合格，可使用该结构。三级结构对比可用蛋白比对服务器SuperPose，RMSD小于3埃表示结构相似。蛋白质四级结构研究利用X射线衍射和冷冻电子显微镜技术，揭示蛋白复合物的结构。
