IGV服务器，网络服务器

IGV载入bam后出错怎么办

之前写过几篇：

目前，官网更新到了2.8.x版本

先将bam文件进行sort

然后只要它的1号染色体

最后构建索引

将bam放入IGV中，一开始是没有问题的

但当放大想查看具体的比对结果时，出现了：

这其实就是索引文件的问题，怎么办？不要惊慌，其实也不需要去服务器重新做一遍索引、再导出，我们直接利用IGV自带的igvtools工具就好了，先能完成任务即可

在 Tools=》 Run igvtools，然后选择 Index，并且指定好文件的位置

然后运行即可：

之后利用它构建的index，bam文件就能顺利加载进来啦

服务器端使用IGV

终端打开IGV

提示以下信息

提示打开IGV通过igv.sh，输入

提示以下信息

Genomes> Load Genome form file，例如Zea_mays.AGPv3.22.dna.genome.fa，加载完基因组后会生成Zea_mays.AGPv3.22.dna.genome.fa.fai的文件。

由于 GFF文件很大，需要排序以及建索引之后才能导入 IGV:利用 IGVtools进行排序和建立索引

load GFF选择刚刚排序和索引之后的 gff文件:

点击:file->load from file

BWA出来的sam文件无法直接被 IGV利用的，必须经过 samtools处理后才能被 IGV显示出来。

使用脚本批量index文件

注意将.bam和.bai放在同一个文件夹下。

建立完索引后 load bam文件:

File–>load from file打刚刚建立完索引的 bam文件。

找到自己感兴趣基因的起始和终止位置，可以根据gff的文件进行查找。可视化结果：

IGV、Tablet、Samtools——比对可视化怎么做

短序列比对参考基因组算法在生物信息学领域占据主导地位，广泛应用于基因组学、转录组学及表观组学等分析中。市面上已有多款软件支持短片段比对，如基于空位种子片段索引、Burrows-Wheeler转换、Smith-Waterman等算法。这些比对结果通常以SAM或BAM格式存储。通过SAM文件，用户可实现比对过程的可视化，以满足特定分析需求。

IGV是一款由博德研究所开发的基因组可视化软件，旨在将海量基因组数据转化为可读的可视化状态。该软件提供交互式界面，让用户加载基因组并读入比对数据的BAM文件。IGV允许用户展示reads比对情况及区域测序深度，广泛应用于遗传病研究、m6A等组学分析中。

十年来，IGV已成为组学分析不可或缺的工具，其图形展示被多篇文献引用。在遗传病研究中，IGV图形用于说明突变的纯合或杂合状态；在m6A研究中，则用于呈现数据可视化peak。下图展示了一个包含TT纯合突变和CT杂合突变的IGV截图，以及一代测序验证结果。

Tablet是另一款由英国James Hutton研究所开发的基因组可视化软件。它与IGV功能相似，提供加载参考基因组和比对数据文件的选项。相较于IGV，Tablet在载入大基因组、跳转指定位置、缩放显示比例方面响应速度更快，并提供更丰富的色彩自定义选项。Tablet还支持导入gff注释文件，以高亮显示特定区域。用户需准备基因组的fa文件、fai索引文件、bam文件及bai索引文件进行操作。

Samtools是生物信息学领域的一款重要工具，由李恒开发，支持丰富的功能，包括比对数据可视化。其命令行工具samtools tview可直接查看BAM文件的可视化比对信息。该命令操作简单，只需在终端输入samtools tview xxx.bam即可（需确保对应路径下有bai格式的索引文件）。Samtools tview以直观方式展示位置、reads及其特性，如正向和反向比对、测序质量等级和secondary alignment等信息。

综上所述，IGV、Tablet和Samtools作为基因组比对可视化工具，各有特色和优势。IGV和Tablet适合桌面使用，提供强大且个性化的可视化功能，而Samtools tview则适合服务器快速检查特定位置的比对情况。根据具体需求，用户可灵活选择适合的工具进行比对数据的可视化分析。